南寧關區海關分布點多、線長、面廣，海關業務門類齊全，海、陸、空、郵俱全。目前，南寧海關下轄11個處級隸屬海關和10個緝私分局，分別為北海海關、欽州海關、防城海關、東興海關、梧州海關、貴港海關、柳州海關、桂林海關、憑祥海關、水口海關、龍邦海關，以及北海海關緝私分局、欽州海關緝私分局、防城海關緝私分局、東興海關緝私分局、梧州海關緝私分局、貴港海關緝私分局、柳州海關緝私分局、桂林海關緝私分局、憑祥海關緝私分局、龍邦海關緝私分局。南寧海關擔負著轄區13個一類口岸、8個二類口岸、4個邊地貿口岸、25個邊民互市點的監管任務。
南寧海關認真落實整頓和規范市場經濟秩序要求，以規范邊貿管理為重點，加大管理力度，充實一線力量，實際監管不斷加強，監管效能逐步提高；圍繞重點地區、重點商品開展了打擊香煙、成品油走私以及打擊貿易渠道走私和嚴打整頓等一系列打擊走私專項斗爭，始終保持高壓態勢，不斷推進反走私綜合治理，有效遏制了走私勢頭；認真落實向管理要稅和加強綜合治稅工作思路，堅持依法治稅，強化稅收征管，積極推進通關改革和機構改革，不斷強化業務基礎建設，通關效率和管理效能明顯提高；結合實際實施口岸電子執法系統、便捷通關措施，跨關區快速通關系統等，落實支持廣西實施西部大開發政策的7方面20項措施和支持廣西擴大出口的18項措施，積極支持地方經濟發展；堅持從嚴治關，加強和改善基層管理，推進干部管理體制改革，強化教育培訓，積極開展緝私演練，穩步推進思想政治工作和凝聚力工程建設，隊伍建設進一步加強。
南寧海關堅持從嚴治關，強化領導班子建設和關區隊伍作風建設，推進干部人事制度改革，優化人力資源配置，強化監督制約，全面提高隊伍整體素質。以基層管理和基礎建設為重點，積極推進“雙基”建設，用3年左右的時間，打牢關區業務和隊伍管理水平。南寧海關還將堅持以改革促發展，進一步落實支持廣西擴大出口的措施，提高通關效率和服務質量，支持西南出海大通道建設和西部大開發戰略的實施，為廣西改革創造良好的環境，促進對外經濟貿易發展。
南寧海關將乘我國加入世貿組織的東風，抓住擴大開放的機遇，迎接深化改革的挑戰，深入學習十六大精神，銳意進取，踏實工作，努力推動關區工作再上新的臺階，為國家和地方經濟建設作出新的貢獻。 廣西作為大西南的出海通道，海、陸、空交通便捷。北海、防城、欽州港是廣西三大優良海港，與世界上一百多個港口有著貿易往來，廣西毗鄰港澳，面向東南亞，背靠大西南，地理位置十分優越。有公路、鐵路、民航運輸網與全國相聯，是廣西及大西南地區進出口貨物的貿易集散地和最便捷的出海口岸。特別是防城港已成為廣西第一，華南第三的大港，躋身于全國對外開放的十大港口之列，年吞吐能力達1000萬噸。北海、欽州、防城海關擔負著北部灣3個港口的進出境貨物、運輸工具的監管任務。
廣西不但有繁忙的海上運輸，內河水路運輸也十分發達，來往港口的小型船舶，經珠江、沿西江水道而上可直達梧州、貴港、柳州。上述三地海關擔負著對來往港澳小型船舶的監管。
近年來，隨著改革開放的不斷深入，為適應新形勢的新要求，南寧海關以建立現代海關制度為根本目標，進行了一系列業務制度改革。從1998年以來的通關作業改革、快速通關改革等大規模的改革全面鋪開，到口岸電子執法系統、執法評估系統、稅收監控分析系統等業務管理項目的相繼應用，到便捷通關、“兩水兩路”快速通關系統的逐步實施和推廣，關區的各項業務工作取得了一定的成效，海關工作得到了地方政府和企業的贊譽。
