開發區海關現有人員70人，下設辦公室、人教科、通關管理科、查驗科、保稅審批科、保稅核銷科、風險監控科、調查科、駐和尚島辦事處等科級分支機構9個及駐北良港辦事處副處級機構1個。
自籌建至今，開發區海關不斷加強業務建設、隊伍建設及基本建設工作。目前，擁有辦公樓18,000余平方米，固定資產總值8000余萬元。為開展好監管工作打下良好基礎。十五年來，開發區海關以自身優良的業務素質和文明高效的服務，即加強了對區內加工貿易的有效監管，又方便了區內企業的合法進出。尤其近年來，不斷進行監管業務改革，建立起了以信息技術和風險管理為主的新的加工貿易監管體系，進一步規范了作業程序，強化了監督制約。根據國家政策調整和區內經濟形勢變化，適時推出有力措施，發揮海關監管的職能作用，依法行政，貫徹政策，有力地推動了區內加工貿易的健康發展，促進了開發區以加工貿易為主的外向型經濟的騰飛。為此，多次獲得大連關區“基層基礎建設先進單位”、“文明窗口標兵單位”等光榮稱號。
