1986年7月,佛山海關三水工作組成立,后來發展成為科級辦事處。
1993年7月,乘三水撤縣建市的東風,經國務院批準,中華人民共和國三水海關正式設立!同年10月16日正式掛牌,正式成立。
三水海關受廣州海關直接領導,關區管轄范圍包括佛山市三水區的9個鎮(街道)。主要業務種類有:監管進出境運輸車輛、來往港澳小型船舶、監管進出口貨物、征收關稅和其他稅費,辦理轄區內“三資”企業、保稅倉庫的注冊登記、報關員的注冊登記,加工貿易企業的合同備案、核銷與執行中期的核查、稽查、查緝走私違法活動,編制海關統計等。