侯馬海關是國家設在侯馬的進出境監督管理機關，隸屬于太原海關，主要負責臨汾、運城、晉城三市的進出境貨物、物品和運輸工具的監督管理，征收關稅和其它稅費，查緝走私以及編制海關統計等工作任務。主要職責是：負責受理進出口貨物報關審核、征收稅費和查驗放行；受理退、補稅申請及轉報；負責轄區內進口貨物減免稅（包括特定減免稅貨物、捐贈物資、常駐機構和人員辦公用品及自用物品）審批管理工作；負責受理轄區內運輸企業承運海關監管貨物的申請審批；受理在轄區內設立海關監管倉庫、保稅工廠、公共型保稅倉庫及其它海關監管場所的申請初審、轉報并辦理注冊備案、年審手續；負責辦理轄區內外匯核銷IC卡的申請、審核、轉報、發放、年審工作；負責接受企業擔保、預歸類及轉報；負責轄區內出口退稅聯、出口結匯、進口付匯專用聯及其它進出口報關單證的實際簽發；負責對轄區內各類海關監管場所、運輸工具進行實際監管；負責辦理轉關運輸審批手續及進口貨物轉關準單回執核銷；負責轄區內專業和代理報關企業開辦申請的受理和轉報，辦理自理報關企業、報關員注冊、審批備案和年審工作；受理轄區內加工貿易手冊的審批備案、中期核查及核銷工作；辦理保稅料件的異地結轉（調撥）監管手續；負責轄區內涉嫌走私、違規案件的調查及查獲案件的移交工作；負責及時分析本關進出口商品動態，組織開展涉稅商品的價格跟蹤及企業稽查工作。
