佳木斯海關于1991年9月5日正式建關。現轄區為佳木斯市、鶴崗市、雙鴨山市、七臺河市四個市及其所轄的樺川、樺南、湯原、友誼、勃利、寶清、集賢七個縣和建三江、寶泉嶺、紅興隆三個副局級國營農場。設有河港、鐵路、民航機場（已經海關總署批準正式對外開放，未驗收）三個監管現場。河港為國家一類口岸。轄區內有進出口經營權的企業共360戶，其中外商投資企業175戶。截止到2002年度年審結束，在我關注冊有效的企業只有68戶，其中外商投資企業18戶。
佳木斯海關為正處級單位。現內設辦公室、政工辦、財務科、業務一科、業務二科和緝私分局（處級）。全關共有關員35 人（緝私警察11人），平均年齡36歲；副科級以上干部11人，平均年齡42歲。大專以上學歷的人數占總人數的95%，黨員24人，占干部總人數的80%。
建關十一年間，佳木斯海關共監管進出口貨物95.6萬噸，監管進出境運輸工具6，591艘（輛、架）次，監管進出境旅客15萬人次，征收關稅及代征稅8，446萬元，減免關稅7.8億元，查獲走私違規案值400多萬元。
2002年，我關共征收稅款614萬，同比增長47％；共監管進出口貨物2162噸，同比增長430%；審核進出口報關單48份，同比增長380%；進出口貨物總值565萬美元，同比增長391%；辦理減免稅共計1197萬元；辦理加工貿易備案合同進口金額596萬美元。
