1989年以前,重慶海關的關區范圍包括整個四川省總面積56萬多平方公里。1989年7月成都海關直屬海關總署領導后,重慶關區除重慶市外,還轄有川東和川南的自貢、瀘州、宜賓、萬縣、涪陵、達縣、黔江南充、廣安、巴中共58個縣(市)面積23萬多平方公里。1997年3月八屆全國人大五次會議通過了設立重慶直轄市的決議,海關總署決定從8月1日起調整重慶、成都海關關區重慶海 關關區為重慶直轄市現行政區劃,區內包括重慶市,涪陵市、萬縣市和黔江地區,面積8萬平方公里。
1995年5月12日,國務院批準在重慶經濟技術開發區和萬縣設立海關,隸屬重慶海關。1998年6月,重慶經濟技術開發區海關和萬縣海關經過近三年的籌建,先后正式開關辦理海關業務、1999年6月成立重慶海關走私犯罪偵查分局。
重慶海關地處西南腹地,其進出境主要通道有水路順長江直達上海;鐵 路南下直達香港、北上連接歐亞大陸橋;國際航線通達香港、澳門、名古屋、泰國等城市郵路可交換直封到日本、美國等地的郵件總包;公路有海關監管貨物運輸車隊承運與各關之間的轉關運輸貨物關區內擁有重慶空運一類,岸和重慶外貿鐵路專用線二類口岸。為開發利用長江“黃金水道”,重慶海關經過調查研 究,在海關總署的支持下,制訂了《海關對長江駁運船舶轉運進出口貨物管理規定》,與沿江兄弟海關一道共同創建了“江海聯運”的長江水路轉關運輸監管模目前,重慶地區對外經貿事業發展迅猛,已與香港、日本、美國、韓國、德國、法國等世界112個國家(地區)建立了經貿關系,出口商品共有16個大類3000多 個品種,主要出口商品為機電產品、紡織品、服裝、醫藥品、鋼材等。
重慶海關堅持“依法行政、為國把關’’的指導方針采取多管齊下綜合 治理的方式打擊走私違法犯罪活動,維護了進出口貿易的正常秩序。隨著中央西部大開發戰略的實施,重慶海關將會作出更大的貢獻。