合肥國家高新技術產業開發區1990年10月奠基，1991年3月經國務院批準首批成為國家級高新區。
1997年9月，合肥高新區作為全國53個國家級高新區的杰出代表，被國務院批準為向亞太經濟合作組織（APEC）成員特別開放的科技工業園區，1999年被國家批準為技術創新工程區域試點高新區，2000年被國家認定為高新技術產品出口基地。高新區已成為安徽省發展高新技術產業的龍頭，技術創新、科技成果產業化和高新技術產品出口的重要基地。
建區以來，合肥高新區在科技部的直接指導和安徽省委省政府、合肥市委市政府的領導下，以“發展高科技，實現產業化”為宗旨，緊緊圍繞加快發展高新技術產業這一主題，加強體制創新和機制創新，努力營造優良的發展環境；健全技術創新體系，大力開展創業服務；加大招商引資力度，積極培育特色和優勢產業，銳意進取，真抓實干，逐步建立了一整套與國際慣例接軌、適合本地區實際的發展高新技術產業的全新的管理體制和運行機制，為推動全國高新區發展和本地區高新技術快速成長作出了自己的貢獻。
目前，高新區集中新建區規劃面積約30平方公里，已在近10平方公里范圍內全面實現了“九通一平”，園區支撐服務體系日臻完善，海關、法院、公安、檢察院、律師事務所、會計師事務所、審計事務所、學校、醫院、住宅小區、餐飲、文化娛樂場所等一應俱全，擁有區內企業500多家，總投資131億元，注冊資本108.37億元。其中，外資企業122家，總投資7.2億美元，注冊資本5.9億美元，實際利用外資3.80億美元，吸引了來自美國、日本、韓國、德國、瑞士、加拿大、澳大利亞以及東南亞等二十多個國家和地區的客商前來投資，初步形成了電子信息、生物醫藥、新材料、光機電一體化等四大高新技術產業企業群體。2002年，高新區完成固定資產投資10.73億元，財政收入2.35億元，實現社會總產值176億元，技工貿收入171億元，分別比2001年增長73.9%、22%、31.6%、和31%。
在區內企業中，高科技項目占主導地位，科技型企業占總數的80%以上，其中經認定的高新技術企業達172家，占全省的35%。江淮汽車、榮事達、三洋、國禎環保、合力叉車被安徽省科技廳列為重點高新技術企業。目前高新區有火炬計劃項目120個，擁有國家級企業技術中心2家，省級企業技術中心3家，國家863計劃成果產業化基地3個，國家級工藝裝備實驗基地1家，國家級檢測中心8家。安科a-2b干擾素等3個項目被科技部列為重點火炬計劃項目；網迅公司“網絡會議系統”等3個項目被科技部、外經貿部列入國家科技興貿行動計劃項目；中科大訊飛、榮事達科源、英科智控等公司被批準為國家863計劃產業基地；創業中心、軟件園、留學生園、大學科技園、民營科技園分別被科技部批準為國家級創業中心、國家火炬計劃軟件產業基地、國家留學人員創業園、國家大學科技園、國家民營科技園。
十多年來，高新區在成果轉化和產業培育取得了十分突出的成就，萬燕VCD、科大訊飛的語音信息合成、四創電子的EVD、安徽現代的字幕機、安徽三聯的智能交通事故管理系統等，均在開創全國新興產業或在相應產業領域的創新上產生過巨大影響，為發展我國具有自主知識產權的民族高科技產業作出了顯著貢獻。為加大科技成果轉化力度，加快成果產業化培育，高新區管委會在孵化器建設上先后投入3億多元，并爭取省、市科技廳（局）支持，推動了政府、事業、企業多元投資孵化器局面的形成，構筑了綜合類、專業類、專門類三大門類比較齊全的一區多園發展格局，孵化面積達到近17萬平方米，吸引孵化企業數近300家，各類專業人才1萬多人，其中，博士有100多人，碩士500多人，設立了博士后工作站7個。形成了可持續發展的有利局面。
高新區的發展成就，受到了國內外的廣泛關注。1998年9月24日，原中共中央總書記、國家主席江澤民親臨高新區視察，親筆題寫了“合肥國家高新技術產業開發區”區名。現任中共中央總書記胡錦濤、人大委員長吳邦國、國務院總理溫家寶以及曾慶紅、李鵬、李瑞環、李嵐清、吳儀、丁關根、田紀云、李鐵映等黨和國家領導人也先后視察合肥高新區，對合肥高新區取得的成就給予高度評價。
