昆山出口加工區于2000年4月27日經國務院批準設立，2000年9月6日第一家通過國家驗收，并于10月8日正式封關運作，成為中國首家封關運作的出口加工區。2006年12月經國務院批準，開展拓展保稅物流功能和開展研發、檢測、維修業務試點,成為全國首批開展拓展功能七個出口加工區之一。
昆山出口加工區位于國家級昆山經濟技術開發區內，規劃建設面積2.86平方公里，基礎設施建設已全部完成。目前，已引進入區注冊項目103家，其中工業企業90家，物流企業13家。引進項目總投資18.04億美元，注冊資本8.81億美元，實際到帳外資6.58億美元。已投產企業82個，其中工業企業75個，物流企業7個，從業人員8萬人。2007年完成進出口總額315.78億美元，其中出口208.52億美元,平均每平方公里進出口超過100億美元；工業產值銷售1256億元，年均每平方公里產值銷售超400億元。已形成了電子信息、光電、精密機械產業和保稅物流產業集群。2007年筆記本電腦產量3800萬臺，占世界產量近40%，數碼相機產量1000萬臺，手機、導航儀產量1000萬臺。
昆山出口加工區保稅物流園規劃為三期，一期150畝已建設完畢，建成 3.8萬平方米保稅倉庫和4萬平方米物流場站；二期340畝正在建設11萬平方米保稅倉庫和2萬平方米產品展示中心；三期220畝由5家物流企業開工建設17萬平方米保稅倉庫，全部建成后將擁有32萬平方米保稅倉庫和2萬平方米展示館。自2007年1月試點工作正式啟動以來，運作情況良好。截至2007年底，已有7家物流企業開展保稅物流業務試點，物流企業進貨入庫金額82.74億美元；出庫金額88.69億美元，物流企業營業收入7164萬元。開展售后服務的生產型企業達24家，售后服務收入3.02億美元；開展維修業務企業8家，維修業務收入7013萬美元；開展檢測業務企業1家，檢測業務收入0.17萬美元。2008年1—3月，物流企業入庫金額達32.53億美元，出庫金額達21.83億美元。
昆山出口加工區拓展保稅物流功能試點工作的開展，使出口加工區成為具有以保稅加工為主，保稅物流為輔，以及研發、檢測、維修業務功能齊全的綜合型保稅區域。
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