一、進口單證
1.商業發票 用于計證關稅的發票3份，用英文填寫。發票須包括：a.出口商姓名和地址；b.發運方式，含船(船只的名稱和國別)和空運(航空公司的名稱)；c.船只或飛機的發送日期；d.發運國家和港口以及起飛港；e.菲律賓的卸貨港；f.貨包的標記、號碼、數量和種類；g.毛重和凈重；h.附有程度或質量標記的詳細的商品名稱和號碼、商品售出時使用的標記或符號；i.供貨條件(是否FOB、CFR、CIF價)；j.價值：必須以相同的貨幣單位說明出售價值；k.若有原產地，應注明原產地所在國別。最后，在發票結尾必須由一位有簽名權的人士提交以下按規定注明的聲明：“證書是真實和正確的。”
2.提貨單 分為海運提單和航空提單兩種。必須注明運輸費用和重量。可以使用指示提單。但要注明一位被通知人地址。
3.貨物清單 應為一式兩份。發運貨物必須有注明單件貨物清單。另外，對于化學產品的進口，必須注明商品的準確名稱。
二、進口關稅
菲律賓的進口關稅部分從量征收，部分從價征收。從量征收關稅的產品有：酒精飲料、煙花爆竹、煙草制品、手表、礦物然、卡通、糖精、撲克等。從價關稅稅率范圍為10-100%，以發材料價格為標準，涉及商品范圍較大。菲律賓于1998年1月1日建立了增值稅體制，稅率為10%。農產品、海產品、化肥、農花和除草劑，一些石油產品、部分書籍和紙的進口免征增值稅。匪律賓還征收文件印花稅，該稅一般用于提貨單、接貨單、匯票、其他交易單、保險單、抵押契據、委托書及其他文件。所有正式進口發票價值多于5000比索要交進口手續費250比索。這一費用將由進口商或委托人交給授權銀行。菲律賓海關對以下情況之一的，免征進口關稅：1.印刷材料、圖畫、像片、標簽、目錄冊、價格冊、小書籍等，但必須標有“不用于出售的樣品或廣告材料”的字樣；2.有商業價值的樣品，但價值不得超過1500美元；3.非用于出售或無商業價值的樣品，以及注有“保健”字樣的醫藥樣品。
三、進口許可
需進口許可證的產品主要有汽車、拖拉機、小汽車、柴油機、汽油機、摩托車、耐用消費品、新聞版和印刷設備、水泥、與健康有關和與公安安全有關的產品。對于受限制的進口商品，需事先得到中央銀行的審批，因為這類產品不是基礎產品，所有這類產品分為二類：非基礎消費品(Non-Essential Consumer Goods)和無類別消費(Unclassified Consumer Goods)。
對未在5日內向菲律賓海關申報入關的貨物和一年后未從海關保稅倉庫提取的貨物，菲律賓將予以拍賣。拍賣所得要清算拍賣費用。拍賣在通知日期10天后進行，30天內完成。
一般來說，價值在1000美元以上的進口貨物需要由授權的銀行(The Authorized Agent Banks, or AABs)發放通行證書(Release Certificate, or RC)。發放RC的條件是：⑴進口商支付海關關稅、稅金，并遵守其他規定；⑵原始貨運單據的復印件，如商業發票，包裝清單、提貨單等，應呈交給授權的代理銀行。代理銀行還要對進口商品征收的全部海關關稅收到保證金。
四、出口加工區
菲律賓有4個出口加工區：巴丹(Bataan)出口加工區、馬克坦(Macton)出口加工區、甲米地出口加工區和碧瑤(Baguio)出口加工區。這4個出口加工區已成為與隔絕的獨立小區域，它們使用進口的原材料和半成品進行加工、組裝和制造各種出口商品。在上述4個出口加工區，投資者可享受到一系列的優惠待遇。它們包括：首批入區企業免征所得稅6年，其他企業免征所得稅4年；對區企業進口的機器設備、原材料以及企業運行必需的商品免征關稅；免除區內企業的進出口稅及各種費用；區內企業不受當地政府法規的約束；免除向外國企業匯回利潤征收的15%的稅收；機器、設備、原料等免征進口關稅；加速固定資產折舊；優先配給外匯等等。另外，除上述4個出口加工區以外，近年來菲律賓在原美軍事基地上建立了克拉克和蘇比克經濟特區，有關優惠政策參照4個出口加工區。
