現行物流成本管理存在許多問題，計算方法上沒有切實掌握物流成本，尤其是沒有切實掌握公司內部的物流費用。企業內部對于物流成本不甚了解，對于物流成本是什么也十分模糊。弄不清物流成本與制造成本，物流成本與促銷費用的關系。物流成本中混有物流部門根本無法控制的成本。企業不同，物流成本的計算標準也不同，企業內部計算物流成本的標準時常改變，每一年度都變動的企業較多。另外，計算物流成本的目的也存在很多問題，比如計算物流成本的目的不明確，有的只是單純地想了解物流費用，還沒有達到利用物流成本的階段，有的物流負責部門花費很大精力計算物流成本，但也只是計算一下物流成本多少而已。總的來說，物流成本管理還沒有超出財務會計的范圍。分析降低現行物流成本方面存在的問題主要有以下幾點:第一，物流部門向高層管理人員報告的物流成本，只不過是“冰山一角”。而沒有向他們生產、銷售部門提供有關物流成本的確切的有價值的資料。降低物流成本只是靠物流部門去解決，而沒有與生產和銷售部門共同研究解決。第二，大多企業沒有建立起多批次、小批量物流系統，只是企圖在過去物流系統的基礎上降低物流成本，沒有注意到機構之間的壁壘，如支店之間的壁壘已成為降低成本的障礙，有的即使注意到了，也沒有認真解決。第三，沒有正規的負責物流會計的專門人員和機構，有的公司把降低物流成本的工作完全委之他人（物流專業人員或銷售、生產部門），而且各個企業計算物流成本的范圍本不相同，可是有的企業卻偏偏要做對比，并因此時喜時憂。
針對當前物流成本管理存在的問題，大多物流公司由于實行多批次、小批量配送和適時配送，也由于收貨單位過多和過高的服務要求物流服務水平越來越高，導致運費上升；又由于商品品種增多，壽命縮短，必然出現庫存增加，或時多時少，由此導致庫存費用上升；由于缺乏勞動力導致人頭費用增多；由于地價上漲導致物流中心投資費用增加；由于道路擁擠導致運輸效率下降。凡此種種都在影響著物流成本。因此在這種情況下企業降低物流成本已成為當務之急。為降低物流成本，首先必須了解物流的實際情況，然后對物流系統進行分析，發現問題加以改進，最后建立起一個可行的新的物流系統。
正確計算物流成本是有效降低物流成本的基礎，目前的物流成本核算方式主要有按支付形態計算、按功能計算和按適用對象計算等三種。按支付形態計算是把物流成本分別按運費、保管費、包裝材料費、企業內部配送費、人事費、物流管理費、物流利息等支付形態記賬。從中可以了解物流成本總額，也可以了解什么經費項目花費最多。這對認識物流成本合理化的重要性以及考慮在物流成本管理上應以什么為重點，十分有效。按功能計算是指分別按包裝、配送、保管、搬運、信息、物流管理等功能計算物流費用。從這種方法可以看出哪種功能更耗費成本，比按形態計算成本的方法能更進一步找出實現物流合理化的癥結。而且可以計算出標準物流成本（單位個數、重量、容器的成本），進行作業管理，設定合理化目標。按功能計算物流成本，可以從功能的角度掌握；按形態計算出來的物流成本，在將物流部門費用按不同的功能詳細劃分時，其分配基準比例由于行業和企業情況的不同而不同。因此根據本企業的實際情況找出分配基準是很重要的。還可以按單位（配送一件或挑選一個）計算功能物流成本。再就各個功能物流成本的構成比例或金額與上一年度進行比較，弄清增減原因，研究指定整改方案。按適用對象計算物流成本，可以分析出物流成本都用在哪一種對象上。如可以分別把商品、地區、顧客、或營業單位作為適用對象來進行計算。按支店或營業所計算物流成本，就是要算出各營業單位物流成本與銷售金額或毛收入的對比，用來了解各營業單位物流成本中存在的問題，以加強管理。按顧客計算物流成本的方法，又可分按標準單價計算和按實際單價計算兩種計算方式。按顧客計算物流成本，可用來作為選定顧客、確定物流服務水平等指定顧客戰略的參考。按商品計算物流成本是指通過把按功能計算出來的物流費用，用以各自不同的基準分配給各類商品的辦法計算物流成本。這種方法可以用來分析各類商品的盈虧，在實際應用時，要考慮進貨和出貨差額的毛收入與商品周轉率的影響。
降低物流成本是企業永恒的課題，在核算物流成本時，首先要明確目的，選擇正確的核算方法。在了解物流成本的實際情況的基礎上，制定物流活動計劃進行調控，解決存在的問題，并評估物流部門對企業效益的貢獻程度，使用物流成本建立物流責任制，改善物流現狀，以時序觀點，正確地觀察成本的變化情況和其他公司、其他行業比較，指出應由銷售或生產部門負責的不合理的物流活動，向高層管理干部提供物流信息，更好地進行物流管理。
需要強調的是，過去認為物流是一種沒有效益的活動，因而總是認為必須使之合理化以降低成本，這種看法是不全面的。現代理念認為不應該把物流只看作是需要支付的費用，而應把它當作資源加以有效地利用。也就是將物流成本看作是一種生產要素。應當利用物流成本資源促進銷售，爭取顧客。為確保收益，必要時可以考慮加大物流成本，爭取銷售目標的實現。應該說，現在已經進入物流活動可以產生收益的時代。在考慮物流服務與物流成本的關系時，應當在維持一定物流服務水平的前提下，降低物流成本。現代物流成本管理理念認為由專業物流部門做好物流預算，分層分級建立物流成本責任制也尤為重要。分清可控與不可控部分，明確責任，制訂獎罰措施。最后需要指出的是，過去企業只是把目光局限在如何掌握物流成本上。掌握物流成本確實非常重要，但現代物流成本管理理念認為今后應當把重點轉移到如何應用物流成本上來，注重物流成本效益。在物流管理方面，今后還應積極推行成果評估和物流盈虧的分析。
物流成本是以物流活動的整體為對象的，是唯一基礎性的、可以共同使用的基本數據。可以說物流成本是進行物流管理使物流合理化的基礎。由于物流成本沒有列入企業的財務會計制度，如不進行特別計算，不容易把握。在現行物流成本中，有不少是物流部門無法控制的，如保管費中就包括了由于過多進貨或過多生產而造成積壓的庫存費用，以及緊急運輸費用等例外發貨的費用。從銷售方面來看，物流成本并沒有區分多余的服務和標準服務的不同。如物流成本中多包含促銷費用。因此，在公司內部占壓倒多數的物流成本混入其他費用中，如不把這些費用核算清楚，很難看出物流費用的全貌。物流成本的計算范圍，各公司均不相同，因此無法與其他公司比較，也不存在行業的平均物流成本。物流成本其間存在效益背反規律。在物流功能之間，一種功能成本的削減會使另一種功能的成本增多。因為各種費用互相關聯，必須考慮整體的最佳成本。
