由于過去香港聯合交易所具有較大的一線監管權力，因此擔心合并后其一線監管權被收回，這也是這次交易所合并的主要障礙之一。經過證監會與聯合交易所充分協商，最后對監管權的劃分如下：
(1)交易所內市場監察
新的體制基本維持過去的分工。即：香港交易所作為商業機構著重負責市場交易活動的監察和風險管理，包括：執行交易和結算規則、監察市場參與者的違規行為；實時監察價格和成交額的走勢、要求公司即時披露價格敏感信息、保持市場透明度；監察異常集中持倉情況和反常的價格交易波動、協助證監會進行風險管理；處理交易糾紛；跨市場監管香港交易所的客戶。
證監會將主要負責監察可能觸犯法律的違規行為，包括：監察可能觸犯證券期貨法規行為；調查涉嫌違法行為；監督香港交易所進行的監管活動；監察跨市場交易活動。
(2)對中介機構的監管
過去由聯合交易所履行的審慎管理其會員的職責，轉到證監會執行。但新的交易所仍保留了監察中介機構某些具體業務的職責，如對會員公司進行業務例行檢查、監督會員遵守交易操守準則、確保會員設有適當的管理和風險監控體系等。證監會同事保留了對上述事項共同監管的責任，必要時可對上市監管事項發表意見。
(3)上市公司的監管
在對上市公司的監管方面，基本上保持了原有的職責分工。
