馬德里注冊的缺點：
1、注冊國家的局限性
因為《馬德里協定》最先是由實施商標注冊原則的國家提出的，所以，以取得所屬國國內注冊作為申請國際注冊的先決條件，限制了一部分實施商標使用原則的國家的積極性。
馬德里聯盟成員國目前只有70多個國家，一些同我國貿易聯系密切的國家目前還不是成員國。我國企業無法通過馬德里國際注冊途徑在這些國家取得商標注冊。
2、要求以國內申請/注冊為基礎
國際注冊必須以國內商標申請/注冊為基礎。在《馬德里協定》項下，申請必須基于相同商標的國內注冊（取得注冊證書）；在《馬德里議定書》項下，申請可以基于相同商標的注冊申請（收到受理通知書即可），因此，在申請的時間上有一定的限制。
3、注冊效力的不穩定性
由于國際注冊要求以國內申請/注冊/為基礎，五年后才能與原屬國的注冊脫鉤，因此一旦原屬國的注冊在五年內被撤銷，國際注冊也隨之將被撤銷，這一情況被稱之為“中心打擊原則”。
