一、發票作用的不同
增值稅專用發票是購銷雙方收付款、購買方扣除增值稅的憑證;普通發票除了收購農副產品、運費、廢舊物資的按照法定稅率作抵扣之外，其他的一律不允許作為抵扣用。
二、發票印制要求的不同
增值稅專用發票是由國務院稅務主管部門指定的刻章社進行印制;其他類型發票，則依照國務院主管部門中規定，分別依省、自治區、直轄市的國家稅務局、地方稅務局所指定刻章社進行印制。沒有經過前款規定的稅務機關指定，不得私自印制發票。
三、發票的內容不同
增值稅專用發票除了具備購買單位、銷售單位、商品或者服務的名稱、商品或是勞務的數量跟計量單位、單價或是價款、收款人、開票單位、開票日期等基本內容之外，還包含納稅人的不含增值稅金額、稅務登記號、適用稅率、應納增值稅額等內容。
四、發票使用的主體不同
增值稅專用發票通常只能由(增值稅)一般納稅人申請領購使用，小規模有需要的，只能到稅務機關申請批準，批準后由所在的稅務機關進行代開;普通發票各種納稅人(已辦理稅務登記)都可以領購使用，未辦理稅務登記的納稅人也可以申領購買普通發票。
五、發票的聯次不同
增值稅專用發票包括四個聯次跟七個聯次兩種，第一聯為存根聯(這個是用于留存備查)，第二聯為發票聯(這個用于購買方記賬)，第三聯為抵扣聯(這個是用作購買方扣稅憑證)，第四聯為記賬聯(這是用于銷售方記賬)，七聯次的其他三聯是用作備用聯，分別作為企業檢查、出門證或是倉庫留存用;普通發票則只有三聯，分別是第一聯為存根聯，第二聯為發票聯以及第三聯為記賬聯。
